A SMAFC története a selmecbányai akadémiai sportélet gyökereihez nyúlik vissza. A selmecbányai akadémián az öntevékeny testedzés az 1860-as évek közepén indult meg. Az ifjúság sportolását a tanári kar is támogatta és pártolta, sőt a tanárok gyakran maguk is jelen voltak a testgyakorlásokon. Ebben az időszakban azonban a testedzésnek még nem volt kinevezett tanára, így a testneveléssel kapcsolatos feladatokat elsősorban az ifjúsági sportkör vezetői látták el. Az akadémiai sportélet már a kezdetektől fontos szerepet töltött be a hallgatók közösségi életében. Az öntevékeny testedzés mellett az Akadémia országos viszonylatban is számos kiváló sportolót adott az országnak. Az akadémiai tornaegylet 1860-ban alakult meg a hallgatók önkéntes szerveződésével.

A sportklub működése az évek során fokozatosan bővült, és egyre több sportágra terjedt ki. A selmecbányai sportélet számos sikert és dicsőséget szerzett az Akadémiának, egészen 1918 őszéig, amikor a főiskola ősi székhelyét elhagyni kényszerült. Az ősi székhely elhagyása a sportkört minden vagyonától, felszerelésétől és korábbi működési feltételétől megfosztotta.

Az ifjúság 1925. március 23-án kezdeményezte a Főiskolai Atlétikai és Football Club újjáalakítását. A sportélet fellendülését ugyanakkor hosszú ideig akadályozta az évről évre jelentkező pénzhiány, a hallgatók jelentős tanulmányi elfoglaltsága, valamint a saját sportpálya hiánya. Mindezek ellenére, különösen a második világháborút közvetlenül megelőző években, a főiskola sportolói kiemelkedő eredményeket értek el.

A SMAFC 2010-ben ünnepelte fennállásának 150. évfordulóját. A sportkör elnöksége az évfordulóhoz méltó, egész évet átölelő rendezvénysorozattal kívánt megemlékezni az egyesület gazdag múltjáról és hagyományairól. A jubileumi év első kiemelt programja a 2010. április 1–3. között megrendezett Magyar Egyetemi és Főiskolai Bajnokság női és férfi kosárlabdázás döntője volt. A rendezvény a visszajelzések alapján országos elismertséget vívott ki magának. A négy-négy csapat részvételével lebonyolított fináléban a magyarországi felsőoktatási intézmények közül mindkét nemben egyedül a SMAFC képviseltette magát. A női csapat történelmet írva első alkalommal szerzett aranyérmet, míg a férfi csapat becsülettel helytállva bronzéremmel zárta a döntőt. A jubileumi központi rendezvényprogramokra 2010. szeptember 6–11. között került sor. A programsorozat méltó módon idézte fel a klub múltját, miközben lehetőséget adott a SMAFC közösségének, sportolóinak, vezetőinek és támogatóinak az ünneplésre és a találkozásra.

2021-től a SMAFC jelentős átalakuláson ment keresztül. Az egyesület elnöke Horváth József lett, aki korábban a kosárlabda szakosztály edzőjeként is dolgozott. Prof. dr. Fábián Attila rektor úr támogatásával a klub új fejlődési pályára állt. A 2021-es évben a SMAFC bekerült a kiemelt vidéki sportegyesületek közé, ami új lehetőségeket nyitott meg az egyesület szakmai, szervezeti és infrastrukturális fejlődése előtt. A szakosztályok száma rövid idő alatt jelentősen bővült. A SMAFC közösségét többek között a kosárlabdázás, karate, tájfutás, lovaglás, sakk, szektorlabda, floorball, röplabda, jégkorong, atlétika, íjászat, asztalitenisz, parasport, szabadidősport, e-sport, futsal, természetjárás, küzdősport, vízisport, vívás, aerobik, squash, kerékpár és boksz szakosztályok alkották.

Ugyancsak 2026-ban további infrastrukturális fejlesztések valósultak meg: megnyílt a Rekreációs Központ és az új tornaterem, valamint megújult a Krasznai Sportcsarnok is. A SMAFC sportolói az elmúlt években több sportágban is magukra ölthették a magyar válogatott mezét, és válogatott viadalokon, valamint nemzetközi versenyeken képviselhették az egyesületet, Sopron városát és a Soproni Egyetemet.